ふるさと納税は年末調整で戻る？年末調整では控除されない理由・ワンストップ特例と確定申告の違い・年末調整後にやること・会社に知られるか

ふるさと納税が年末調整で戻らない理由

ふるさと納税による控除の正体は、所得税法78条の寄附金控除です。国税庁のNo.1155は、寄附額のうち2,000円を超える部分について、所得税および個人住民税からそれぞれ控除が受けられる制度と説明しています。

一方、年末調整を定めた190条は、その年に支払う給与等の金額から次の控除を引いて税額を計算すると定めています。条文の2号が挙げる控除は、次の表のとおりです。

出典：所得税法78条・190条（e-Gov 法令検索、2026年10月1日時点の版）、2026年10月2日確認。190条の条文に「寄附」の語は出てきません。

年末調整は、会社が給与から引いてきた所得税を、190条の計算で精算する手続です。ふるさと納税の分は、この計算に入らないため、年末調整では戻りません。国税庁のNo.1900も、大部分の給与所得者は年末調整で所得税額が確定し納税も完了するとしています。寄附金控除を受けるには、別の手続が要ります。

年収ごとの寄附の上限額は、ふるさと納税 上限額計算ツールで調べられます。

ワンストップ特例と確定申告の違い

寄附金控除を受ける方法は2つです。総務省の「ふるさと納税の流れ」「税金の控除について」を、表にまとめました。

出典：総務省 ふるさと納税ポータルサイト（ふるさと納税の流れ・税金の控除について）、地方税法附則7条、2026年10月2日確認。

ワンストップ特例の法的な根拠は、地方税法附則7条です。確定申告を要しない見込みの人が、申告書の提出に代えて、寄附する際に寄附先の自治体へ申請書を出すと、自治体が住所地の市町村へ申告特例通知書を送ります。次のどれかに当たると、申告特例の求めはなかったものとみなされます（同条6項・13項）。

• 所得税法121条の適用を受けないこととなったとき（確定申告が必要になったとき）
• 翌年度の住民税の申告書を提出したとき
• 通知書を送った自治体の数が5を超えたとき
• 通知書の送付先の市町村が、賦課期日現在の住所地の市町村と異なったとき

ワンストップ特例の申請書の締切は、法令ではなく寄附先の自治体が決めています。公式ページで確認した例はワンストップ特例の期限と過ぎたときにまとめています。

年末調整のあとにやること

年末調整の書類を出し終えたあとに何をするかは、寄附の手続をどうしたかで変わります。

出典：総務省 ふるさと納税ポータルサイト、国税庁 No.1155・No.2030、地方税法附則7条、2026年10月2日確認。

寄附先の自治体が発行する寄附の証明書（受領書）は、確定申告に必要な書類です。総務省は大切に保管するよう案内しています。

住民税の減額が実際に反映されたかは、翌年に事業主経由で届く住民税の通知で確認します。市町村は5月31日までに通知することとされています（地方税法321条の4）。通知書の見方は住民税決定通知書の見方にあります。確定申告が要る人は確定申告が必要なケース、医療費控除と合わせる人は医療費控除とふるさと納税の併用が参考になります。

会社に知られるのか

年末調整の計算には、ふるさと納税は入りません（前の章）。会社が関わる可能性があるのは、給与から天引きされる住民税の通知です。

総務省の行政評価局の資料は、仕組みを次のように説明しています。給与から天引き（特別徴収）される個人住民税の税額は、市町村から事業主（特別徴収義務者）と従業員に通知されます。納税義務者用の税額通知書は、直接従業員に送られるのではなく、事業主を経由して交付されます。

出典：総務省 行政評価局「納税義務者用の特別徴収税額決定通知書の記載内容の秘匿」、地方税法施行規則2条の様式、2026年10月2日確認。

この資料に、ふるさと納税や寄附の語は出てきません。ふるさと納税による寄附金税額控除は、住民税の税額控除のひとつです（地方税法37条の2・314条の7）。納税義務者用の様式には「税額控除前所得割額」「税額控除額」「所得割額」の欄が並んでいます。寄附金税額控除の金額が、会社を経由して受け取る通知書のどこに、どう表示されるかは、資料からは確認できませんでした。

また、総務省・国税庁の資料の範囲では、ワンストップ特例と確定申告で、会社への通知の仕方に違いがあるかも確認できませんでした。会社に知られたくない場合は、寄附をする前に、お住まいの市区町村の住民税の担当窓口に、通知書の秘匿措置の有無と表示のされ方を確認するのが確実です。

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